Keputusan Presiden Joko Widodo memilih Ignasius Jonan sebagai Menteri Perhubungan dikritik keras oleh LBH Jakarta, Serikat Mahasiswa Progresif Universitas Indonesia (SEMAR UI), dan Badan Eksekutif Mahasiswa Fakultas Hukum Universitas Indonesia (BEM FHUI)
Jokowi dianggap tak merealisasikan janjinya saat kampanye untuk memperhatikan penegakkan Hak Asasi Manusia. Menurut mereka, sebagai Direktur Utama PT KAI, Ignasius Jonan telah memerintahkan penggusuran paksa para pedagang di stasiun Jabodetabek.
Dia juga menggusur paksa warga yang bertempat tinggal di area stasiun kereta api tanpa ada dialog dan solusi. Hal ini terjadi pada Desember 2012 sampai Agustus 2013.
Tindakan Ignasius Jonan tersebut telah mengakibatkan kerugian yang sangat besar terhadap ribuan pedagang yang kehilangan mata pencaharian serta warga yang bertempat tinggal di area stasiun.
Saat ini, para pedagang stasiun Se-Jabodetabek bersama LBH Jakarta tengah mengajukan Gugatan Class Action (Gugatan perwakilan kelompok) di Pengadilan Negeri Jakarta Pusat.
LBH Jakarta, SEMAR UI, BEM FH UI, Perpustabek menyatakan kecewa dengan keputusan Jokowi yang memilih Ignasius Jonan sebagai menteri padahal ia diduga bertanggung jawab atas pelanggaran HAM terhadap ribuan pedagang kecil, dan saat ini ia sedang dimintai pertanggungjawabannya di pengadilan.
Mereka juga menuntut Jokowi-JK untuk bertanggung jawab atas keputusannya memilih Ignasius Jonan sebagai Menteri Perhubungan dengan:
1. Memastikan kebijakan penggusuran paksa yang selama ini ditempuh Ignasius Jonan tidak dilakukan lagi selama ia menjabat menjadi Menteri Perhubungan dengan melakukan audit HAM atas setiap kebijakan yang dibuat dan hendak dijalankan oleh Ignasius Jonan sebagai Menteri Perhubungan.
2. Hak Asasi Manusia adalah satu kesatuan yang utuh dan saling terkait, maka tidak dibenarkan atas nama hak transportasi, hak perumahan sebagian masyarakat dilanggar tanpa solusi.
3. Jokowi-JK harus mengambil alih tanggung jawab dan menjamin pemulihan hak-hak ribuan pedagang stasiun yang terlanggar akibat kebijakan penggusuran paksa Ignasius Jonan saat menjadi Direktur PT. KAI.
